A la llegada de los conquistadores esta región pertenecía al cacicazgo de Amula; llamado después San Juan de Amula por los peninsulares.
En octubre de 1525, viniendo de Colima, se hospedó aquí el capitán Francisco Cortés de San Buenaventura, quien conquistó pacíficamente al poblado, dándoles tierras a los aborígenes para que formaran una comunidad. El rey de España les concedió el título de pueblo y grandes terrenos para una comunidad indígena. Desde 1526 estas tierras pertenecieron a la provincia de Martín Monje y Pedro Gómez, que tenía como cabecera a Tenamaxtlán, después se anexó a Autlán.
La Hacienda del Limón Viejo es muy antigua; hay constancia de que ya existía el 8 de febrero de 1728. Eran tierras de realengo que la Corona dio al peninsular Juan Vicente Rosales Mejía, los terrenos eran fértiles y con abundante agua. El primitivo casco de esta hacienda estaba en lo que ahora es el barrio de La Ciénega y se le conoce con el nombre de El Limón Viejo.
En diciembre de 1817 quedó despoblado El Limón Viejo. El 8 de enero de 1818 los hacendados, peones y rancheros se mudaron al Limón Nuevo, una estancia ganadera, en ese entonces, de la vieja hacienda. Se avecindaron en el citado lugar para beneficiarse con el camino real y los grandes manantiales de agua que había.
Los descendientes de Juan Vicente Rosales siguieron poseyendo estas tierras; en 1845, las rentaron por nueve años a Pedro J. L. May, vecino de San Juan de Amula.
Desde esas fechas hasta la formación de los ejidos de El Limón y La Ciénega, en 1922, fueron varios los propietarios de esas tierras.
Por decreto número 10, publicado el 31 de marzo de 1883, se erigió en comisaría política y judicial la congregación de El Limón, del municipio de Ejutla.
Por decreto número 762, publicado el 6 de abril de 1897, la comisaría de El Limón quedó segregada del municipio de Ejutla y pasó a formar parte del de Autlán. El 14 de diciembre de 1912, se publicó el decreto número 1528, en el cual se dispuso que la comisaría de El Limón pasara a pertenecer al municipio de El Grullo.
Finalmente, la comisaría de El Limón fue erigida en municipalidad según el decreto número 2069, publicado el 8 de junio de 1921 y ap robado seis días antes. La iniciativa se debió a algunos vecinos y al apoyo del diputado Rodrigo Camacho.
Como llegar
Extensión: Su extensión geográfica es de 137.56 kilómetros cuadrados.
Abasto
En lo referente a servicios de abasto al consumo popular, esta necesidad es cubierta por 80 tiendas de abarrotes que venden alimentos y bebidas, 22 carnicerías y 14 establecimientos que venden alimentos preparados (fondas y restaurantes).
Deporte
Centros deportivos que tienen en su conjunto instalaciones adecuadas para la práctica de diversos deportes como fútbol, basquetbol, voleibol, atletismo y juegos infantiles.
Respecto a cultura y recreación, cuenta con una infraestructura dotada de plaza cívica, parques, jardines, casa de la cultura, auditorio municipal, biblioteca, centros recreativos. Cuenta, además, con plaza de toros y lienzo charro.
Servicios Públicos
El municipio ofrece a sus habitantes los servicios de agua potable, alcantarillado, alumbrado público, rastro, cementerio, vialidad, aseo público, seguridad pública, parques y jardines y centros deportivos.
En lo que concierne a servicios básicos la cobertura para el año 2000 presentaba los siguientes porcentajes: el 96.7% de los habitantes disponían de agua potable; en alcantarillado la cobertura era del 92.1% y en el servicio de energía eléctrica el 97.2%.
Vías de Comunicación
La transportación terrestre se puede efectuar por la carretera Guadalajara- Barra de Navidad- El Grullo- El Limón. Cuenta con una red de caminos revestidos, de terracería y brecha que comunican las localidades. La transportación foránea se lleva a cabo en autobuses directos y de paso. La transportación urbana y rural se realiza en vehículos de alquiler y particulares.
