La Hacienda del Limón Viejo es muy antigua; hay constancia de que ya existía el 8 de febrero de 1728. Eran tierras de realengo que la Corona dio al peninsular Juan Vicente Rosales Mejía, los terrenos eran fértiles y con abundante agua. El primitivo casco de esta hacienda estaba en lo que ahora es el barrio de La Ciénega y se le conoce con el nombre de El Limón Viejo.
En diciembre de 1817 quedó despoblado El Limón Viejo. El 8 de enero de 1818 los hacendados, peones y rancheros se mudaron al Limón Nuevo, una estancia ganadera, en ese entonces, de la vieja hacienda. Se avecindaron en el citado lugar para beneficiarse con el camino real y los grandes manantiales de agua que había.
Los descendientes de Juan Vicente Rosales siguieron poseyendo estas tierras; en 1845, las rentaron por nueve años a Pedro J. L. May, vecino de San Juan de Amula.
Desde esas fechas hasta la formación de los ejidos de El Limón y La Ciénega, en 1922, fueron varios los propietarios de esas tierras.
Por decreto número 10, publicado el 31 de marzo de 1883, se erigió en comisaría política y judicial la congregación de El Limón, del municipio de Ejutla.
Por decreto número 762, publicado el 6 de abril de 1897, la comisaría de El Limón quedó segregada del municipio de Ejutla y pasó a formar parte del de Autlán. El 14 de diciembre de 1912, se publicó el decreto número 1528, en el cual se dispuso que la comisaría de El Limón pasara a pertenecer al municipio de El Grullo.
Finalmente, la comisaría de El Limón fue erigida en municipalidad según el decreto número 2069, publicado el 8 de junio de 1921 y ap robado seis días antes. La iniciativa se debió a algunos vecinos y al apoyo del diputado Rodrigo Camacho.